其区别主要体现在两种养老保险的层次和功能上的不同，其联系主要体现在两种养老保险的政策和水平相互联系、密不可分。企业年金实行市场化运营，应选择经劳动保障部认定的运营机构管理。企业年金由企业和员工共同承担，单位缴费一般不超过上年度工资总额的十二分之一，单位和职工合计缴费一般不超过上年度工资总额的六分之一。
与基本养老保险相比，企业年金不是强制性的社会保险，由企业根据国家政策自愿实施。正是因为这点不同，使得绝大部分企业处于自身的考虑，不愿意为职工缴纳“多余”的费用。
然而，企业年金虽然可以为退休职工多建立一重养老保障，但也并非人人都可能享受得起。按照规定，建立企业年金的企业，必须依法参加养老保险并履行缴费义务，具有相应的经济负担能力并已建立集体协商机制。如果非在职职工比例较高，这对企业来说是一个沉重的包袱。对于一些效益不好，连基本养老保险都勉为其难的企业而言，企业年金还是一个“遥远的梦”。而对于能够开展年金业务的企业，顾虑也很多。
企业年金是指在国家政策指导下，企业及其职工在依法参加企业基本养老保险社会统筹、按时足额缴纳基本养老保险费的基础上，根据企业经济状况，自愿建立的补充养老保险制度，是多层次养老保险体系的组成部分。
基本养老保险是国家通过立法方式强制实施，企业年金是由企业和职工自主决定建立；基本养老保险是为了保障广大职工退休后的基本生活需要，企业年金是为了提高职工退休后的生活水平，弥补基本养老保险替代率的不足；基本养老保险的缴费方式、缴费标准和缴费水平由国家统一规定，企业年金的缴费方式、缴费标准和缴费水平由企业和职工依据国家相关规定自行决定；基本养老保险采用现收现付加部分积累的方式，企业年金采取个人账户完全积累方式；基本养老保险由社保机构统一管理，企业年金由具备资格的专业机构进行市场化运作；国家财政对基本养老保险金的最终支付给予担保，企业年金基金运作的风险由企业和职工自行承担。
根据有关规定，企业年金只有在职工达到退休年龄时才可以一次性领取，此前不得提前支取。职工退休前只有出国(出境)定居或在职期间死亡的，个人账户中已归属个人部分才可以一次性支付。因其他情况离开企业的可以随同转移，但不能支付，如暂时不具备转移条件，个人账户可由原单位暂予封存保留。
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